Στην Υπάτη είχε την έδρα του το 3ο Τάγμα Ευζώνων. Χώρος ευθύνης του ήταν οι Δήμοι Υπάτης, Μακρακώμης και Σπερχειάδας. Στεγαζόταν στο κτίριο των λεγόμενων «Καποδιστριακών Στρατώνων». Κατασκευάσθηκε το 1836, χρονιά όμως που ο Καποδίστριας είχε δολοφονηθεί. Από άλλους αναφέρεται ορθότερα ως «Οθωνικός».
Από αρχιτεκτονική άποψη είναι ένα διώροφο ορθογώνιο κτίσμα, με ανοίγματα συμμετρικά διατεταγμένα. Στη Νότια στενή πλευρά του υπάρχει στενή διπλή σκάλα ανόδου στον όροφο. Η τοιχοδομία αποτελείται από γκρίζο ασβεστόλιθο και καλοπελεκημένους γωνιόλιθους. Προσδίδεται, έτσι, στο κτίριο αυστηρή εμφάνιση. Παρουσιάζει μεγάλη ομοιότητα με τον Οθωνικό στρατώνα, που βρίσκεται μέσα στο Κάστρο της Λαμίας (σημερινό Αρχαιολογικό Μουσείο), κτίσμα της ίδιας εποχής.
Κατά την αντιοθωνική εξέγερση του 1848 διαδραματίστηκαν στην Υπάτη και στο στρατώνα της αιματηρά γεγονότα. Την 1 Μαΐου η Υπάτη πολιορκήθηκε και κατελήφθη από τους αντιοθωνικούς επαναστάτες-στασιαστές Κοντογιάννη και Βελέντζα. Τα κυβερνητικά στρατεύματα με επικεφαλής τους Γαρδικιώτη και Mαμούρη στις 8 και 9 Mαΐου την ανακατέλαβαν κατόπιν πολιορκίας. Μετά την προσάρτηση της Θεσσαλίας (1881) έχασε τη σημασία του ως στρατώνας και γνώρισε διάφορες χρήσεις. Μέχρι τα τέλη της δεκαετίας του 1960 χρησιμοποιήθηκε ως σχολείο. Το κτίριο χαρακτηρίστηκε το 1982 ως ιστορικό μνημείο. Το 1998 παραχωρήθηκε από το Δήμο Υπάτης στο Υπουργείο Πολιτισμού για να στεγασθεί εκεί το Βυζαντινό Μουσείο Φθιώτιδας. Αφού συντηρήθηκε και αναστηλώθηκε, από τον Ιανουάριο του 2007 λειτουργεί ως Βυζαντινό Μουσείο Φθιώτιδας.
Στο Μουσείο, που αναπτύσσεται σε δύο ορόφους, παρουσιάζονται αντιπροσωπευτικά ευρήματα, που προέρχονται από διάφορες περιοχές της Φθιώτιδας και χρονολογούνται στην παλαιοχριστιανική και βυζαντινή περίοδο (4ος-14ος αι.).
Στο ισόγειο, η έκθεση είναι αφιερωμένη στα παλαιοχριστιανικά ψηφιδωτά της Φθιώτιδας (4ος-6ος αι.) και έχει έντονο εκπαιδευτικό χαρακτήρα, ενώ στον όροφο περιστρέφεται γύρω από το θέμα της λατρείας κατά την παλαιοχριστιανική και βυζαντινή περίοδο. Στην αίθουσα της παλαιοχριστιανικής περιόδου εκτίθενται κυρίως μαρμάρινα αρχιτεκτονικά μέλη και ψηφιδωτά δάπεδα, προερχόμενα τα περισσότερα από βασιλικές, ενώ τα κεραμικά, που παρουσιάζονται (χρηστικά σκεύη, λυχνάρια, υφαντικά βάρη κ.ά.), δίνουν στοιχεία για τον καθημερινό βίο της εποχής. Στην αίθουσα της βυζαντινής περιόδου, δεσπόζουσα θέση κατέχουν τα μέλη ενός βυζαντινού μαρμάρινου τέμπλου από ναό, που εντοπίστηκε σε ερειπιώδη κατάσταση στην Άγναντη Λοκρίδος (12ος-14ος αι.). Επίσης, εκτίθενται αρχιτεκτονικά γλυπτά από μη σωζόμενο βυζαντινό ναό στα Αλεπόσπιτα (12ος αι.).
Ανάμεσα στα εκθέματα του Βυζαντινού Μουσείου Φθιώτιδας σημαντική θέση καταλαμβάνουν τα νομίσματα, από τα οποία αντλούνται στοιχεία για τη νομισματική κυκλοφορία στη Φθιώτιδα κατά τους βυζαντινούς χρόνους. Παρουσιάζονται νομισματικοί «θησαυροί» και μεμονωμένα νομίσματα, που έχουν προέλθει από ανασκαφικές έρευνες, παραδόσεις και περισυλλογές.
Σε ειδικά διαμορφωμένο χώρο του ορόφου εκτίθεται μέρος της νομισματικής συλλογής του Υπαταίου Κωνσταντίνου Κοτσίλη, η οποία δωρήθηκε στο ελληνικό κράτος με σκοπό να εκτεθεί στο Μουσείο. Η Συλλογή περιλαμβάνει 3.000 νομίσματα, αρχαία ελληνικά, ρωμαϊκά, βυζαντινά, μεσαιωνικά, νεότερα και σύγχρονα. Ο επισκέπτης έχει την ευκαιρία να δει αντιπροσωπευτικά δείγματα της συλλογής, που καλύπτουν μεγάλη έκταση στο χώρο και στο χρόνο.
Το Βυζαντινό Μουσείο Φθιώτιδας στην Υπάτη δίνει την ευκαιρία στους κατοίκους της περιοχής, αλλά και στους πολυάριθμους επισκέπτες της να έρθουν σε επαφή με τον αρχαιολογικό πλούτο της Φθιώτιδας, περιηγούμενοι τις αίθουσές του και γνωρίζοντας μέσω αυτών τα μνημεία της.