Γύρω στο 278π.Χ. κατέλαβαν την Υπάτη οι Αιτωλοί, το 227π.Χ. πέρασαν από αυτή οι Γαλάτες, από το 200 ως το 168π.Χ. η Υπάτη έγινε έδρα της Αιτωλικής Συμπολιτείας, καθώς επίσης την εποχή αυτή οχυρώνεται για να αντιμετωπίσει τα κύματα των Ρωμαίων που την απειλούσαν. Από την άλλη όμως, η πολιτική και στρατιωτική αδυναμία της Ελλάδας, καθώς και οι εσωτερικές διαμάχες δεν επέτρεψαν ν' αντιμετωπίσουν και να αναχαιτίσουν τους Ρωμαίους. Η Στερεά Ελλάδα έγινε Ρωμαική Επαρχία και η Υπάτη στα 192π.Χ. δέχτηκε Ρωμαική φρουρά. Οι κάτοικοι της Υπάτης με χίλιους τρόπους προσπάθησαν να καλοπιάσουν τον κατακτητή. Από επιγραφές πληροφορούμαστε ότι αφιέρωσαν άγαλμα στον αυτοκράτορα Τιβέριο και στους γιους του.
Στα χρόνια του αυτοκράτορα Αδριανού ξέσπασε διαμάχη ανάμεσα στους Υπαταίους και στους Λαμιείς για τα όρια των δύο περιοχών. Η υπόθεση τερματίστηκε με την υπογραφή συμβολαίου, που είναι στα λατινικά και σώζεται μέχρι τις μέρες μας σε επιγραφή.
Στην Υπάτη λατρεύονταν ο θεός Απόλλωνας με την επωνυμία Υπαταίος. Εξαιρετικές τιμές απολάμβανε η θεά Αφροδίτη, στην οποία ήταν αφιερωμένα τα λουτρά. Η πόλη, σύμφωνα με τον Λουκιανό, ήταν το κέντρο των μαγισσών της Θεσσαλίας, οι περιβόητες Φαρμακίδες ( μπορούσαν να κατεβάσουν ακόμα και το φεγγάρι στη γη), μεταξύ των οποίων γνωστές υπήρξανε η Μυκάλη και η Αγλαονίκη ή Αγανίκη.
Κατά τους χριστιανικούς χρόνους η Υπάτη διδάχθηκε πρώτη το Ευαγγέλιο από τον Άγιο Ηρωδίωνα , ένα εκ των 0' Αποστόλων, συγγενή και συνεργάτη του Αποστόλου Παύλου. Το 54μ.Χ. ο Ηρωδίων ιδρύει στην Υπάτη την πρώτη επισκοπή και γίνεται ο πρώτος Επίσκοπος της Εκκλησίας Νέων Πατρών-Υπάτης, την οποία θεμελίωσε με το αίμα του. Αποκεφαλίστηκε από τους Εβραίους της Υπάτης. Η τοπική παράδοση λέει ότι τον αποκεφάλισαν στο ύψωμα, μπροστά από το σημερινό Γυμνάσιο και Λύκειο Υπάτης, στο σημείο δε, που σταμάτησε η κεφαλή του χτίστηκε Ναός του Αγίου Ηρωδίωνα.
Επίσης κατά την περίοδο της κατοχής από τους Ρωμαίους η Υπάτη αναφέρεται ως κέντρο μαγισσών. Ως εργαστήριο των μαγισσών στην Υπάτη αναφέρεται μια βαθιά σχισμή στο έδαφος, στην άκρη της πόλης και σε βράχους, η επονομαζόμενη «Ανεμότρυπα».
Κατά το έτος 121 ή 122 μ.Χ. και επί βασιλείας του Ρωμαίου αυτοκράτορα Ανδριανού, υπήρξε διένεξη μεταξύ Υπάτης και Λαμίας για τον καθορισμό των μεταξύ τους ορίων, η οποία διευθετήθηκε από τον Ανθύπατο της Μακεδονίας. Το κείμενο της απόφασης καθορισμού των ορίων βρέθηκε σε πλάκα στις Μεξιάτες το 1885.
Επί Ιουστινιανού του Α' (527 - 565 μ.Χ.) κτίστηκε στην πόλη της Υπάτης φρούριο, το οποίο χρησιμοποιήθηκε και κατά τη Φραγκοκρατία.
Κατά τη μάχη του Σπερχειού, εναντίον των Βουλγάρων το 997, στρατιωτικό τμήμα των Βουλγάρων, καταδιωκόμενο, βρέθηκε σε οικισμό βοσκών κοντά στη Νέα Πάτρα (Υπάτη), όπου οι Βούλγαροι κατά την παράδοσή τους φώναζαν «βόγο-μιλ» (δηλαδή παραδινόμαστε) και γι΄ αυτό το λόγο ο συγκεκριμένος οικισμός ονομάστηκε «Βογομίλου» ή «Βογόμυλοι».